Sau khi đến định cư tại bang Louisiana, cậu Trần Văn Nhàn được cho vào học lớp 4 trường Edna Karr Junior High, New Orleans dù không có bất kỳ kiến thức nào về Anh ngữ. Từ năm lớp 8, sau khi biết về thông tin của một trường trung học do các linh mục dòng Don Bosco điều hành ở Goshen, New York, cậu Nhàn viết nhiều thư từ gửi đến hiệu trưởng trường này để tìm cơ hội được chuyển đến đây theo học. Các linh mục [vì nhận thấy hoàn cảnh khó khăn của cậu] đã quyết định trợ cấp cho cậu theo học ở trường này và cậu rời gia đình để theo học trung học tại ngôi trường này.[8]

Rời New York, cậu theo học trường Cao đẳng Don Bosco (Tiền chủng viện; seminary college), New Jersey trong vòng một năm trước khi trở lại nơi định cư gốc là New Orleans, theo học Đại Chủng viện Thánh Giuse (Saint Joseph), Saint Benedict, Louisiana.[8][6] Năm 1989, Trần Văn Nhàn tốt nghiệp với văn bằng cử nhân Đại Chủng viện Thánh Giuse (Saint Joseph), Saint Benedict, Louisiana.[6] Chủng sinh Gioan Nhàn sau đó hoàn thành nghiên cứu thần học của mình tại Chủng viện Đức Bà (Notre Dame) ở New Orleans, lấy bằng Thạc sĩ Thần học (1992).[6][12]